公積金還款可以自動扣款。不同地區的公積金管理中心對于自動扣款的具體規定和操作方式有所不同。以武漢為例，借款人可以辦理委托扣劃還貸業務，包括按月委托扣劃和按次委托扣劃。按月委托扣劃方式下，公積金中心于每月20日自動扣劃委托人公積金賬戶資金歸還當月應還貸款本息，當月應還本息未還清的，公積金中心將每天補充扣劃一次，直至應還本息結清。按次委托扣劃還貸的扣劃執行時間為委托人申請成功時間。
荊門的公積金還款自動扣款有“按月足額劃扣”和“按月差額劃扣”兩種方式。按月足額劃扣是在每個月18日，直接用當月交的公積金把房貸還上;按月差額劃扣是每月15日，先從預留的還款銀行卡里扣掉公積金貸款月還款額和公積金繳存額的差額部分，并把這部分錢繳存到公積金賬戶里，當月18日，劃扣當月繳存還貸。
鎮江市公積金中心自簽訂《提取協議書》的次月起采用內部轉賬方式，從按月還貸人的住房公積金賬戶中按月扣取月還貸款本息，批扣時間為每月15日(遇節假日順延)，如未扣款成功，則在還貸儲蓄卡上扣款。
公積金自動扣款失敗了怎么辦
1、查明原因：先確定扣款失敗的原因，常見原因包括公積金賬戶余額不足、賬戶信息錯誤、銀行卡狀態不正常、銀行系統故障等。
2、補足余額：如果是因為賬戶余額不足導致扣款失敗，需要盡快通過銀行轉賬、網上銀行等方式將資金存入公積金賬戶或還款銀行卡，確保賬戶余額足夠覆蓋當期應還金額。
3、檢查賬戶狀態：登錄公積金管理中心、撥打服務熱線或前往線下服務網點，查看公積金賬戶和還款銀行卡的狀態是否正常。如賬戶被凍結、掛失或銀行卡過期、損壞等，需及時聯系相關部門解決。
4、核實賬戶信息：若賬戶信息有誤，如姓名、身份證號、銀行賬號等與公積金中心或銀行記錄不匹配，應及時聯系所在單位的公積金管理部門或當地住房公積金管理中心，提供準確信息進行更正。
5、重新發起扣款：確認問題解決后，部分地區可通過公積金管理中心網站或手機銀行等渠道手動重新發起扣款申請;若無法自行操作，可聯系公積金管理中心或貸款銀行，請求其重新進行扣款操作。
6、關注補扣情況：有些公積金管理中心會在扣款失敗后進行補扣，如烏海市規定在每月20日至月底每天都會進行補扣。所以在自動扣款失敗后，要關注是否有補扣成功的信息，如未成功，及時與相關部門聯系。
7、主動還款：若重新發起扣款仍未成功，可通過網上銀行、手機銀行或前往銀行線下網點，將還款金額轉入指定還款賬戶進行主動還款。
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